Recherche sur l'encéphalomyélite myalgique / le syndrome de fatigue chronique (EM / SFC), le syndrome post-traitement de la maladie de Lyme (PTLDS), la fibromyalgie et le syndrome post-COVID .

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Développer un système rapide d'analyse des valeurs atypiques dans l'EM/SFC

OBJECTIF DU PROTOCOLE

Mettre en place un protocole d'analyse des valeurs atypiques dans l'EM/SFC afin d'identifier les facteurs aggravants de la maladie ou des symptômes qui pourraient ne pas être pris en compte chez la personne atteinte d'EM/SFC (y compris les mutations génétiques, les toxines élevées), puis développer un logiciel permettant d'identifier rapidement ces anomalies potentielles.

CHERCHEURS PRINCIPAUX
  • Christopher Armstrong, PhD
  • Paul Gooley, PhD
  • Neil McGregor, PhD
  • David Ascher, PhD
VALEUR DU PROTOCOLE

Ce logiciel permettrait d’identifier rapidement les facteurs d’aggravation de la maladie ou des symptômes qui pourraient être dus à une mutation génétique des facteurs de perturbation environnementaux chez les personnes atteintes d’EM/SFC. Cela permettra de mieux comprendre l’expression des symptômes de l’EM/SFC et d’identifier les problèmes secondaires ou les déclencheurs chroniques qui exacerbent ou entretiennent la maladie. L’identification de ces problèmes ou facteurs de stress permettra de les traiter avec plus de précision et d’améliorer la qualité de vie des personnes atteintes d’EM/SFC

DESCRIPTION DU PROTOCOLE

Le logiciel développé utilisera l’apprentissage automatique pour identifier les anomalies atypiques qui sont cohérentes avec les données génomiques, protéomiques et métabolomiques d’un individu. Un rapport sera produit pour mettre en évidence la probabilité de mutations génétiques liées à un effet fonctionnel.

ÉLABORATION DE PROTOCOLES

Les données requises pour développer ce logiciel seront immenses et seront constituées de nombreux ensembles de données déjà obtenus auprès de nos collaborateurs. De nombreux travaux d’amorçage et de test de ce logiciel seront réalisés grâce à l’accumulation de données de génomique, de métabolomique et de symptômes provenant de 300 patients atteints d’EM/SFC.

Les mutations génétiques, les niveaux de métabolites et les données sur les symptômes seront analysés afin d’identifier les métabolites atypiques et les métabolites qui sont fortement liés aux données sur les symptômes. Les mutations génétiques et les facteurs environnementaux seront considérés comme les causes de ces valeurs atypiques grâce à la technologie d’apprentissage par machine.

Un logiciel sera développé spécifiquement pour stocker les modèles élaborés à partir des données des patients et pour vérifier plus rapidement ces modèles par rapport aux nouvelles données des patients afin d’identifier rapidement les problèmes potentiels qui peuvent exacerber ou déclencher les symptômes chez les personnes atteintes d’EM/SFC.

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NMR Metabolomics
NMR (Nuclear Magnetic Resonance) is an instrument/tool used to perform metabolic studies, metabolic profiling, and metabolomics in biofluids and tissues for more than 40 years using magnetic fields. There is a very close connection between metabolic measurements and NMR. This connection has flourished because of NMR’s many unique strengths for characterizing complex mixtures’ chemical composition.
Protéomique

L'étude à grande échelle des protéines, qui sont de grandes molécules complexes nécessaires à la structure, à la fonction et à la régulation des tissus et des organes du corps humain.

Microvésicules et séquençage viral

Les microvésicules sont un type de vésicule extracellulaire qui est libérée de la membrane cellulaire. Les vésicules sont de petits sacs ou vacuoles remplis de liquide dans l'organisme. Le séquençage est une technique utilisée pour déterminer la séquence exacte des bases (A, C, G et T) dans une molécule d'ADN (ou virale).

Micro ARN

Les cellules utilisent le Micro ARN pour contrôler si un gène particulier produit trop, trop peu ou la quantité normale de sa protéine à un moment donné.

Autoanticorps

Les anticorps qui réagissent avec les molécules de l'organisme et qui sont présents chez les personnes en bonne santé sont appelés anticorps naturels ou auto-anticorps.

L'ADN extracellulaire pour la réactivation virale

L'ADN extracellulaire est souvent sécrété activement et est utilisé pour effectuer plusieurs tâches, offrant ainsi une cible ou un outil attrayant pour les applications biotechnologiques, médicales, environnementales et microbiologiques générales. Les virus sont des parasites intracellulaires qui dépendent dans une large mesure de la cellule hôte pour leur réplication. La réactivation virale se produit lorsqu'une réplication active du génome viral entraîne une infection lytique (dégradation de la cellule) caractérisée par la libération de nouvelles particules virales progénitrices (descendantes).

Profilage des cellules immunitaires

Le système immunitaire joue de nombreux rôles régulateurs importants dans le développement et la progression des maladies. Compte tenu de l'émergence de thérapies immunitaires efficaces, des prédicteurs fiables de la réponse sont nécessaires. Le profilage des cellules immunitaires détermine la réponse en évaluant les populations de cellules immunitaires provenant d'échantillons traités et non traités. Dans notre cas, nous évaluerons la réponse des globules blancs à l'infection virale en utilisant un procédé appelé "Cytof".

Génomique des leucocytes

Un leucocyte est une cellule incolore qui circule dans le sang et les liquides organiques et qui est impliqué dans la lutte contre les substances étrangères et les maladies. Un génome est l'ensemble du matériel génétique d'un organisme. La génomique est un domaine de la biologie qui se concentre sur la structure, la fonction, l'évolution, la cartographie et l'édition des génomes. Par conséquent, la génomique leucocytaire est l'étude de tout le matériel génétique des leucocytes.

Métabolomique

Métabolomique est une façon d'étudier le métabolisme, c'est-à-dire de mesurer les quantités de métabolites (petites molécules) produites par notre corps lorsque nous transformons les aliments en énergie et autres molécules dont nos cellules ont besoin pour survivre. La technologie métabolomique est "à grande échelle", ce qui signifie que plusieurs milliers de métabolites peuvent être mesurés à partir d'un seul échantillon, par exemple de sang ou d'urine.