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Ce projet vise à caractériser les facteurs viraux associés aux réponses immunitaires et à l’inflammation dans l’EM/SFC.
Dans notre analyse de criblage des viromes sanguins, nous avons utilisé plusieurs méthodes, y compris notre méthode originale d’intégration virale, et analysé les données pilotes de séquençage de l’EM/SFC. Nous avons identifié des séquences génomiques partielles de virus courants dans l’EM/SFC.
Les méthodes actuelles de détection du virome sont limitées pour les virus non caractérisés. Ainsi, nous avons développé un nouvel outil d’apprentissage automatique, VirusPredictor, pour prédire parmi les virus infectieux, RVE, et les séquences humaines non-RVE. Cet outil a le potentiel de trouver des virus inconnus. Il est publié dans Bioinformatics en 2024. Le logiciel est disponible gratuitement. Nous prévoyons d’utiliser également cet outil pour analyser les données relatives à l’EM/SFC prochainement.
Nous avons un article sur le virome de l’EM/SFC en 2e cycle de revue par Curr Opin Virol.
Dans notre étude sur les variantes RVE nous avons développé une nouvelle approche analytique et génotypé des RVE à l’échelle du génome dans des échantillons pilotes d’EM/SFC. Nous avons trouvé des associations avec des mesures liées à l’EM/SFC. Nous travaillons sur un article.
Les déclencheurs viraux de la réponse immunitaire dans l’EM/SFC ont longtemps été supposés mais restent mal compris. Les rétrovirus endogènes germinaux (RVE) et les infections virales somatiques ont tous deux un impact significatif sur la réponse immunitaire et sont étudiés depuis des années ; cependant, les études précédentes se sont principalement concentrées sur des agents pathogènes viraux couramment testés ou sur plusieurs candidats RVE connus. Il n’est pas surprenant de constater qu’aucun de ces pathogènes n’est commun aux patients atteints d’EM/SFC. Une analyse complète de l’ensemble du spectre des RVE et du virome est susceptible de modifier notre compréhension des rôles des RVE et des infections virales dans l’EM/SFC. Cette proposition vise à développer de nouveaux algorithmes pour étudier les contributions des RVE à l’échelle du génome et du virome humain à l’EM/SFC.
Les microvésicules sont un type de vésicule extracellulaire qui est libérée de la membrane cellulaire. Les vésicules sont de petits sacs ou vacuoles remplis de liquide dans l'organisme. Le séquençage est une technique utilisée pour déterminer la séquence exacte des bases (A, C, G et T) dans une molécule d'ADN (ou virale).
L'étude à grande échelle des protéines, qui sont de grandes molécules complexes nécessaires à la structure, à la fonction et à la régulation des tissus et des organes du corps humain.
Les anticorps qui réagissent avec les molécules de l'organisme et qui sont présents chez les personnes en bonne santé sont appelés anticorps naturels ou auto-anticorps.
L'ADN extracellulaire est souvent sécrété activement et est utilisé pour effectuer plusieurs tâches, offrant ainsi une cible ou un outil attrayant pour les applications biotechnologiques, médicales, environnementales et microbiologiques générales. Les virus sont des parasites intracellulaires qui dépendent dans une large mesure de la cellule hôte pour leur réplication. La réactivation virale se produit lorsqu'une réplication active du génome viral entraîne une infection lytique (dégradation de la cellule) caractérisée par la libération de nouvelles particules virales progénitrices (descendantes).
Le système immunitaire joue de nombreux rôles régulateurs importants dans le développement et la progression des maladies. Compte tenu de l'émergence de thérapies immunitaires efficaces, des prédicteurs fiables de la réponse sont nécessaires. Le profilage des cellules immunitaires détermine la réponse en évaluant les populations de cellules immunitaires provenant d'échantillons traités et non traités. Dans notre cas, nous évaluerons la réponse des globules blancs à l'infection virale en utilisant un procédé appelé "Cytof".
Un leucocyte est une cellule incolore qui circule dans le sang et les liquides organiques et qui est impliqué dans la lutte contre les substances étrangères et les maladies. Un génome est l'ensemble du matériel génétique d'un organisme. La génomique est un domaine de la biologie qui se concentre sur la structure, la fonction, l'évolution, la cartographie et l'édition des génomes. Par conséquent, la génomique leucocytaire est l'étude de tout le matériel génétique des leucocytes.
Métabolomique est une façon d'étudier le métabolisme, c'est-à-dire de mesurer les quantités de métabolites (petites molécules) produites par notre corps lorsque nous transformons les aliments en énergie et autres molécules dont nos cellules ont besoin pour survivre. La technologie métabolomique est "à grande échelle", ce qui signifie que plusieurs milliers de métabolites peuvent être mesurés à partir d'un seul échantillon, par exemple de sang ou d'urine.
Les cellules utilisent le Micro ARN pour contrôler si un gène particulier produit trop, trop peu ou la quantité normale de sa protéine à un moment donné.