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Facteurs de risques viraux dans l'EM/SFC

Objectif de l'étude

Ce projet vise à caractériser les facteurs viraux associés aux réponses immunitaires et à l’inflammation dans l’EM/SFC.

Chercheurs

  • Dawei Li, PhD
  • Ronald Davis, PhD

Mises à jour et perspectives

  • Dans notre analyse de criblage des viromes sanguins, nous avons utilisé plusieurs méthodes, y compris notre méthode originale d’intégration virale, et analysé les données pilotes de séquençage de l’EM/SFC. Nous avons identifié des séquences génomiques partielles de virus courants dans l’EM/SFC.

  • Les méthodes actuelles de détection du virome sont limitées pour les virus non caractérisés. Ainsi, nous avons développé un nouvel outil d’apprentissage automatique, VirusPredictor, pour prédire parmi les virus infectieux, RVE, et les séquences humaines non-RVE. Cet outil a le potentiel de trouver des virus inconnus. Il est publié dans Bioinformatics en 2024. Le logiciel est disponible gratuitement. Nous prévoyons d’utiliser également cet outil pour analyser les données relatives à l’EM/SFC prochainement.

  • Nous avons un article sur le virome de l’EM/SFC en 2e cycle de revue par Curr Opin Virol.

  • Dans notre étude sur les variantes RVE nous avons développé une nouvelle approche analytique et génotypé des RVE à l’échelle du génome dans des échantillons pilotes d’EM/SFC. Nous avons trouvé des associations avec des mesures liées à l’EM/SFC. Nous travaillons sur un article.

Hypothèse et description de l'étude

Les déclencheurs viraux de la réponse immunitaire dans l’EM/SFC ont longtemps été supposés mais restent mal compris. Les rétrovirus endogènes germinaux (RVE) et les infections virales somatiques ont tous deux un impact significatif sur la réponse immunitaire et sont étudiés depuis des années ; cependant, les études précédentes se sont principalement concentrées sur des agents pathogènes viraux couramment testés ou sur plusieurs candidats RVE connus. Il n’est pas surprenant de constater qu’aucun de ces pathogènes n’est commun aux patients atteints d’EM/SFC. Une analyse complète de l’ensemble du spectre des RVE et du virome est susceptible de modifier notre compréhension des rôles des RVE et des infections virales dans l’EM/SFC. Cette proposition vise à développer de nouveaux algorithmes pour étudier les contributions des RVE à l’échelle du génome et du virome humain à l’EM/SFC.

OBJECTIFS

Deux jeunes professionnels interculturels en blouse blanche discutent d'un système de micropuce tandis que l'un d'eux pointe du doigt l'écran de l'ordinateur

  1. Étudier les infections virales somatiques (telles que le virome humain et les infections virales à l’échelle du virome) et les séquences virales germinales (telles que les variantes de rétrovirus endogènes) dans les génomes des patients.
  2. Développer les méthodes analytiques basées sur un nouvel algorithme et l’appliquer à l’ensemble de données pilotes provenant de patients atteints d’EM/SFC.
  3. Identifier les facteurs viraux associés à l’EM/SFC et/ou aux phénotypes associés.