Interview avec Ron Davis, PhD : Dernière chance pour tripler votre impact !

Transcription de la vidéo

Dr. Meadows : Bonjour à tous, et merci encore une fois de suivre la vidéo de cette semaine. J’ai l’immense plaisir d’accueillir aujourd’hui le directeur du Centre collaboratif sur l’EM/SFC de l’Université de Stanford, le Dr Ron Davis. Le centre du Dr Davis a été créé en 2014 pour utiliser la recherche de pointe, innovante et interdisciplinaire et le développement technologique afin de se concentrer sur l’éradication de l’EM/SFC. Bienvenue donc au Dr Davis. Merci beaucoup de me rejoindre aujourd’hui.

Dr. Davis : Je vous souhaite la bienvenue. Je suis heureux d’être ici et de partager des données.

Dr. Meadows : Aujourd’hui, j’aimerais vous poser quelques questions sur l’un de vos projets, la plateforme d’évaluation des neutrophiles. Pour commencer, pouvez-vous nous donner une vue d’ensemble de la genèse de ce projet ? Quelles sont les raisons et les circonstances qui l’ont motivé ?

Dr. Davis : C’est en grande partie une idée de Vanessa, qui travaille au laboratoire. C’est une très bonne scientifique et elle pensait que nous devrions étudier les neutrophiles. En discutant avec elle, il est apparu clairement que la plupart des gens n’étudient pas les neutrophiles. La raison en est, je pense, qu’il est impossible de les congeler.

Un grand nombre des immunologues se contentent donc de prélever un échantillon de sang, de l’aliquoter et de le congeler. Ils conservent ensuite leur collection d’échantillons dans le congélateur. Je sais que Mark Davis procède ainsi, mais je pense que c’est le cas de presque tous les immunologues. Le problème, c’est que les neutrophiles ne survivent pas à la congélation et qu’on ne peut donc pas les étudier. Et cela signifie qu’il peut y avoir quelque chose dans les neutrophiles qui est très révélateur de la maladie et qui n’aurait jamais été observé.

La première tâche de la chercheuse a donc été de déterminer comment purifier les neutrophiles. Elle a essayé toutes les techniques existantes et n’était pas très satisfaite. Elle obtenait beaucoup d’activation des neutrophiles et de lyse. Les neutrophiles font donc partie de l’immunité innée, ce qui est également très intéressant pour nous. 

Ils sont présents dans la circulation sanguine et dans les tissus et servent à lutter contre les infections et autres problèmes de ce type. Ils ont une grande capacité à résoudre les infections ou d’autres types d’anomalies. En cas d’infection bactérienne, par exemple, ils peuvent exploser et libérer leur ADN, ce qui crée un énorme filet dans lequel les bactéries peuvent se retrouver piégées, puis d’autres cellules immunitaires peuvent venir les digérer.

Ils sont donc en quelque sorte de petites bombes à retardement. C’est une autre raison pour laquelle les gens ne les étudient pas, parce qu’il faut faire très attention à ne pas les activer.

Nous avons donc procédé à une analyse préliminaire et cherché comment les isoler. Elle a décidé de modifier l’ensemble des procédures après avoir essayé toutes celles qui existaient. Elle dispose désormais d’une méthode assez douce. Elle exige également que les neutrophiles se déplacent, et ils se déplacent à travers une sorte de matrice filtrante qu’elle a mise en place pour que nous sachions qu’ils sont actifs et fonctionnels et qu’ils se débarrassent de tout le reste, en utilisant des attractants spéciaux pour ce faire.

Elle est donc très satisfaite de la procédure. Elle a ensuite voulu travailler sur ce sujet. Elle a rédigé une demande de subvention auprès de l’Open Medicine Foundation et l’a reçue sans délai, ce qui nous a permis d’acheter un bon microscope et une installation dont nous avions besoin.

Ensuite, une très bonne mathématicienne, Sharada, a travaillé avec nous et a écrit de nombreux programmes pour suivre ces neutrophiles lorsqu’ils se déplacent et les identifier afin de pouvoir le faire en mode automatique. On peut donc les voir et les suivre tous, quel que soit leur attractant, et les voir se déplacer.

Cela a permis de rationaliser l’opération et de traiter un très grand nombre de cellules. Tout cela est maintenant prêt. Et beaucoup de gens ont regardé cela et ont dit,  » wow, c’est vraiment génial. J’aimerais aussi étudier les neutrophiles maintenant que vous l’avez fait, parce que vous avez enlevé tout le côté difficile de la chose. « 

Vanessa est donc extrêmement douée.

La question est donc de savoir s’il existe des signatures indicatives pour les neutrophiles. Et bien sûr, le problème technique est que nous avons besoin d’un échantillon de sang, nous ne pouvons pas les congeler, nous avons donc besoin d’un flux régulier de patients.

Elle a également décidé de collaborer avec Michelle James, qui s’occupe des scanners, et de partager les installations et les ressources afin qu’elle puisse avoir accès à certains de nos équipements. Elle est également très intéressée par le projet sur les neutrophiles. Ainsi, lorsqu’elle aura un patient, elle nous en informera et nous irons prélever un échantillon de sang, puis nous pourrons continuer à partir de là. Ils ne resteront pas éternellement. Il faut donc faire ses expériences et attendre le prochain patient.

Dr. Meadows : C’est formidable. On dirait qu’il s’agit d’une plateforme vraiment innovante qui va être très utile pour beaucoup de gens différents s’ils peuvent l’adapter de la même manière que Vanessa l’a fait. Il semble donc que vous préleviez des échantillons de sang frais et que vous les envoyiez par l’intermédiaire de la plateforme. Quels types de données en tirez-vous et en quoi sont-elles liées à l’EM/SFC ou à des groupes de contrôle, ou comment les comparez-vous ?

Dr. Davis : L’un des résultats de ces premiers travaux est que les neutrophiles des patients atteints d’EM/SFC se déplacent plus lentement. Pour ce faire, il suffisait de les suivre visuellement et de prendre des photos. Il s’agissait d’une méthode de force brute qui devait être répétée pour vérifier sa validité. Aujourd’hui, il est possible d’étudier des milliers et des milliers de cellules.

Et la raison de ce résultat est quelque chose que nous devons connaître. Deuxièmement, cette méthode pourrait être convertie en diagnostic. Vous leur donnez un attractant et vous voyez s’ils se dirigent vers cet attractant. C’est quelque chose que nous pourrions faire de manière routinière, en examinant la vitesse à laquelle ils se déplacent pour voir si c’est cohérent.

Nous avons besoin d’un test de diagnostic. Tout le monde cherche un biomarqueur. Il se peut que ce soit très difficile à réaliser. Je n’en sais rien. D’autres personnes mesurent un grand nombre d’éléments différents et les combinent pour obtenir un biomarqueur. Cela pourrait également être coûteux. J’aimerais faire en sorte que ce soit relativement bon marché.

Il faudrait donc trouver un moyen de les visualiser, et pas nécessairement avec un microscope coûteux, mais je pense que c’est possible. Nous collaborons également avec Johnny Wong, de l’UC Davis, sur les globules rouges. Il a mis au point un système de détection par impédance des globules rouges. Il peut donc les placer dans un petit canal et regarder où se trouvent les deux détecteurs. Il peut voir la cellule entrer dans le canal, puis en sortir, et il peut la chronométrer.

Et tout cela se fait sur une petite lame de verre simple. Tout cela, a-t-il dit, coûterait probablement un dollar. Ensuite, il y aurait un instrument qui ferait la détection de l’impédance et le chronométrage. Il s’agirait également d’un instrument assez petit. Je pense que nous pouvons le faire. Mais les neutrophiles pourraient être analysés de la même manière.

Dr. Meadows : C’est fascinant. Je veux dire que ce serait une merveilleuse façon de transposer cela à la clinique et d’avoir ce test de diagnostic, comme vous l’avez dit.

Pouvez-vous nous dire brièvement où en est le projet ? Je sais que vous avez dit que la plateforme est terminée et que vous avez vu certaines preuves de la faible motilité des neutrophiles. Recueillez-vous encore des données ? Vous concentrez-vous sur l’analyse ?

Dr. Davis : Nous allons maintenant commencer à collecter davantage de données. Nous avons tout mis en place. La composante manquante, ce sont les patients. Et ce, à cause de la pandémie. Les patients n’ont pas voulu venir au laboratoire pour donner un échantillon de sang. Nous essayons de mettre en place, et nous l’avons fait par le passé, un système de collecte en dehors du laboratoire, parce que nous aimons collecter dans le laboratoire parce qu’il est très proche de tout, du traitement. Mais il n’est pas nécessaire qu’il en soit ainsi, surtout pour la sécurité des patients.

Et récemment, il y a eu un niveau élevé de coronavirus, du moins dans notre région. Il a considérablement diminué ces derniers temps, ce qui sera très utile. Quoi qu’il en soit, ce projet peut maintenant commencer à faire des analyses moléculaires de leur contenu, de leurs gènes et de toute une série d’autres choses. Les neutrophiles n’ont pas fait l’objet de beaucoup de travaux.

Tout cela sera exploratoire et nous essaierons de l’être le plus possible. Nous verrons si les neutrophiles peuvent être utiles pour diagnostiquer des maladies ou, en fait, je ne suis pas sûr qu’il en ressortira des traitements. Mais nous n’en savons rien, car personne n’a encore rien fait.

C’est donc l’attitude que nous adoptons : nous cherchons quelque chose que personne n’a étudié et nous mettons en place un moyen de l’analyser et de l’explorer. J’espère que cela sera au moins très utile. C’est un autre moyen d’éliminer une partie du grand nombre d’inconnues.

Et cela ne nous dérange pas vraiment de faire quelque chose de difficile. Ce qui est bien quand on fait quelque chose de difficile, c’est qu’on n’aura probablement pas la concurrence de tout le monde, donc on n’a pas à s’inquiéter, vous savez, ce n’est pas un problème. C’est juste qu’il y a beaucoup de gens qui le font. Vous ne savez pas ce qu’ils font et vous ne voulez pas faire beaucoup de duplications parce qu’il y a si peu d’argent dans ce domaine que vous voulez essayer de tirer parti de tout le mieux possible.

Dr. Meadows : Oui, absolument. Utiliser les ressources à bon escient.

Dr. Davis : Tout à fait ! Nous pouvons donc utiliser cette installation pour d’autres choses. Vanessa a mis au point un système qui permet d’effectuer une sorte d’analyse clinique de l’échantillon de sang en comptant tous les différents types de cellules qui s’y trouvent et en fournissant un bon rapport sur ce qui s’y trouve. Il s’agira d’une analyse de routine. Il s’agit d’un petit échantillon qui sera soumis à toutes les analyses cliniques standard de haut niveau de ce qu’il y a dans le sang.

Nous avons essayé de le faire par le passé, mais c’était difficile et c’était fait manuellement. Cela ne se fera pas automatiquement. Chaque échantillon sera donc vérifié et collecté de la même manière.

Dr. Meadows : Cela semble être une excellente base de données pour aller de pair avec toutes les autres choses que vous espérez explorer. Très bien, je pense que nous pouvons maintenant conclure. Merci beaucoup, Dr Davis, pour le temps que vous nous avez accordé. Je peux vous dire que nous apprécions vraiment que vous ayez pris le temps de me parler aujourd’hui et de partager avec moi cette merveilleuse mise à jour sur un projet aussi passionnant.

Dr. Davis : Je suis très heureux de faire ces mises à jour parce que c’est généralement très long. Les gens ne s’en rendent pas compte. Si vous réalisez une étude assez approfondie, il vous faudra peut-être six mois, voire un an, pour la mener à bien, mais il faudra ensuite deux ans pour qu’elle soit acceptée en vue d’une publication. Et il faut généralement deux fois plus de temps pour la faire accepter une fois qu’elle est terminée et rédigée.

J’ai trouvé cela inacceptable pour ce qui est de parler aux patients. C’est l’une des raisons pour lesquelles je pense que ces petites discussions sur l’état d’avancement de nos travaux ne compromettent pas la publication, mais permettent aux patients de se faire une idée de ce qui se passe. Ils ont besoin de savoir que les gens travaillent très dur et que de très bons scientifiques travaillent sur ce sujet.

Dr. Meadows : Absolument. Merci d’être l’un de ces scientifiques.

Dr. Davis : Merci beaucoup !