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Myalgic Encephalomyelitis / Chronic Fatigue Syndrome (ME / CFS) Post Treatment Lyme Disease Syndrome (PTLDS), Fibromyalgia Leading Research. Delivering Hope.Open Medicine Foundation® Canada
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BOSS-ME : Logiciel d'analyse des valeurs aberrantes et de sous-typage pour l'EM/SFC

Nom de l'étude
Ce projet vise à développer un outil logiciel permettant de rechercher rapidement les anomalies du métabolisme d’un individu qui pourraient être expliquées par ses gènes. Il recherchera également les gènes potentiellement endommagés chez les individus et tentera de regrouper les patients atteints d’EM/SFC en fonction de leur profil génétique et métabolique.
PRINCIPAUX
  • Katherine Huang
  • Natalie Thomas, PhD
  • Robert Phair, PhD
  • David Ascher, PhD
  • Paul Gooley, PhD
  • Christopher Armstrong, PhD
MISES À JOUR ET POTENTIEL
  • L’optimisation de la méthode est terminée et une revue systématique compilant les flux de travail métabolomiques RMN utilisés dans la littérature a été publiée (cliquez ici).
  • Nous avons identifié une signature dans l’EM/SFC qui pourrait être cliniquement utile pour déterminer si un échantillon de sang d’un patient suggère qu’il appartient au groupe de l’EM/SFC.
  • Un article sur le diagnostic différentiel est en cours d’examen par Nature Communications Medicine, en espérant que le processus sera bientôt terminé.
  • Rédaction d’un article sur le métabolisme des lipides dans l’EM/SFC.
  • Rédaction d’un article sur les interactions entre les métabolites et les gènes dans l’EM/SFC.
  • Rédaction d’un article de synthèse sur l’application de l’apprentissage machine à l’EM/SFC.
  •  
HYPOTHÈSE ET DESCRIPTION DE L'ÉTUDE

Ce projet vise à créer un outil capable d’identifier rapidement des schémas métaboliques inhabituels chez les individus, qui pourraient être liés à leur constitution génétique. Il recherchera également les gènes susceptibles de causer des dommages. Plus précisément, l’outil sera utilisé pour classer les patients atteints d’EM/SFC (encéphalomyélite myalgique/syndrome de fatigue chronique) sur la base de leurs informations génétiques et métaboliques.

L’outil sera conçu à partir des données de plus de 1 000 personnes ayant déclaré souffrir d’EM/SFC dans la UK Biobank, qui contient des données cliniques et des échantillons de sang de plus de 300 000 personnes. En comparant ces patients atteints d’EM/SFC à d’autres personnes souffrant de maladies similaires, nous avons pu repérer des schémas métaboliques uniques qui permettent d’identifier l’EM/SFC chez une personne.

Ce nouvel outil sera particulièrement utile aux médecins, car il permettra de diagnostiquer plus rapidement et plus précisément l’EM/SFC en repérant des problèmes génétiques et métaboliques qui pourraient autrement passer inaperçus.

OBJECTIFS

Plusieurs graphiques colorés sur papier

  1. Observe the relationship between genes and metabolism to identify outlier genetic anomalies and pathways in ME/CFS.
  2. Determine the relationship between metabolism and genes in ME/CFS as compared to other similar diseases.
  3. Develop an algorithm to rapidly extract outlier and pattern pathways of disease.
  4. Test and validate algorithm produced on a well-curated set of ME/CFS patients with metabolism and gene data.
  5. Eventually produce software to simplify this process.
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Microvésicules et séquençage viral

Les microvésicules sont un type de vésicule extracellulaire qui est libérée de la membrane cellulaire. Les vésicules sont de petits sacs ou vacuoles remplis de liquide dans l'organisme. Le séquençage est une technique utilisée pour déterminer la séquence exacte des bases (A, C, G et T) dans une molécule d'ADN (ou virale).

NMR Metabolomics
NMR (Nuclear Magnetic Resonance) is an instrument/tool used to perform metabolic studies, metabolic profiling, and metabolomics in biofluids and tissues for more than 40 years using magnetic fields. There is a very close connection between metabolic measurements and NMR. This connection has flourished because of NMR’s many unique strengths for characterizing complex mixtures’ chemical composition.
Protéomique

L'étude à grande échelle des protéines, qui sont de grandes molécules complexes nécessaires à la structure, à la fonction et à la régulation des tissus et des organes du corps humain.

Autoanticorps

Les anticorps qui réagissent avec les molécules de l'organisme et qui sont présents chez les personnes en bonne santé sont appelés anticorps naturels ou auto-anticorps.

L'ADN extracellulaire pour la réactivation virale

L'ADN extracellulaire est souvent sécrété activement et est utilisé pour effectuer plusieurs tâches, offrant ainsi une cible ou un outil attrayant pour les applications biotechnologiques, médicales, environnementales et microbiologiques générales. Les virus sont des parasites intracellulaires qui dépendent dans une large mesure de la cellule hôte pour leur réplication. La réactivation virale se produit lorsqu'une réplication active du génome viral entraîne une infection lytique (dégradation de la cellule) caractérisée par la libération de nouvelles particules virales progénitrices (descendantes).

Profilage des cellules immunitaires

Le système immunitaire joue de nombreux rôles régulateurs importants dans le développement et la progression des maladies. Compte tenu de l'émergence de thérapies immunitaires efficaces, des prédicteurs fiables de la réponse sont nécessaires. Le profilage des cellules immunitaires détermine la réponse en évaluant les populations de cellules immunitaires provenant d'échantillons traités et non traités. Dans notre cas, nous évaluerons la réponse des globules blancs à l'infection virale en utilisant un procédé appelé "Cytof".

Génomique des leucocytes

Un leucocyte est une cellule incolore qui circule dans le sang et les liquides organiques et qui est impliqué dans la lutte contre les substances étrangères et les maladies. Un génome est l'ensemble du matériel génétique d'un organisme. La génomique est un domaine de la biologie qui se concentre sur la structure, la fonction, l'évolution, la cartographie et l'édition des génomes. Par conséquent, la génomique leucocytaire est l'étude de tout le matériel génétique des leucocytes.

Métabolomique

Métabolomique est une façon d'étudier le métabolisme, c'est-à-dire de mesurer les quantités de métabolites (petites molécules) produites par notre corps lorsque nous transformons les aliments en énergie et autres molécules dont nos cellules ont besoin pour survivre. La technologie métabolomique est "à grande échelle", ce qui signifie que plusieurs milliers de métabolites peuvent être mesurés à partir d'un seul échantillon, par exemple de sang ou d'urine.

Micro ARN

Les cellules utilisent le Micro ARN pour contrôler si un gène particulier produit trop, trop peu ou la quantité normale de sa protéine à un moment donné.