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Myalgic Encephalomyelitis / Chronic Fatigue Syndrome (ME / CFS) Post Treatment Lyme Disease Syndrome (PTLDS), Fibromyalgia Leading Research. Delivering Hope.Open Medicine Foundation® Canada
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Médecine en réseau pour identifier les mécanismes pathologiques et les traitements

Objectif de l'étude

L’objectif de ce projet est d’utiliser l’intégration des données et l’analyse des réseaux pour découvrir les mécanismes des maladies et les traitements potentiels.

CHERCHEURS PRINCIPAUX
  • Wenzhong Xiao, PhD
  • Jingcheng Yang, PhD
  • Li-Yuan Hung / Chanshuo Wu, PhD
  • Martha Eckey, Pharm D
  • Peng Li, PhD
  • Gonghua Li, PhD
  • Feifei Han, PhD
Hypothèse et description de l'étude

Les réseaux basés sur la connaissance des maladies reflètent la compréhension actuelle des maladies entre les phénotypes/symptômes cliniques, les médicaments, les génotypes et d’autres interactions moléculaires.

En appliquant les réseaux de connaissances biomédicales pour intégrer les phénotypes cliniques et les signatures moléculaires de l’EM/SFC, nous espérons découvrir des modules de gènes pathologiques et classer par ordre de priorité les médicaments candidats à la réorientation pour soulager les symptômes et la progression de la maladie.

DÉROULEMENT DE L'ÉTUDE

Deux chercheurs dans un laboratoire regardent des écrans d'ordinateur

  1. Développer une base de connaissances sur les études et la carte gène-maladie-symptôme de l’EM/SFC accessible à la communauté des chercheurs par l’intermédiaire du Centre de données sur l’EM/SFC.
  2. Mener une méthode de réseaux hétérogènes d’apprentissage profond/ deep-learning pour la médecine de réseau (MINDR) afin de découvrir des modules de maladie et d’identifier des cibles médicamenteuses.
  3. Grâce à l’analyse informatique, identifier les modules moléculaires sous-jacents à l’EM/SFC et prioriser les molécules de médicaments in silico pour le repositionnement dans l’EM/SFC.
  4. Valider les meilleurs candidats par l’évaluation de leurs effets rapportés dans des données de patients en situation réelle et recommander au moins deux médicaments comme candidats pour des essais cliniques pilotes.
Mises à jour et perspectives
  • Nous avons identifié des maladies similaires à l’EM/SFC et les gènes clés impliqués.
  • Nous avons identifié des gènes cibles pour la modulation et étudions actuellement les preuves issues de modèles animaux précliniques et les preuves concrètes issues des dossiers médicaux électroniques et des résultats auto-déclarés par les patients.
  • Nous avons mené une enquête auprès d’environ 4 000 patients atteints d’EM/SFC et de COVID longue sur les résultats auto-déclarés de plus de 150 traitements. Un article a été publié : Eckey, M., et al. (2025). Résultats des traitements rapportés par les patients atteints d’EM/SFC et de COVID longue. PNAS. 122(28) : e2426874122. doi : 10.1073/pnas.2426874122
  • Nous avons identifié des traitements candidats et discutons actuellement avec des partenaires et collaborateurs potentiels de la poursuite des essais cliniques et des études précliniques.
  • Nous continuons à réentraîner le modèle à mesure que de nouvelles données apparaissent et identifions les changements apportés aux résultats du modèle sur la base de ces nouvelles informations.

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Microvésicules et séquençage viral

Les microvésicules sont un type de vésicule extracellulaire qui est libérée de la membrane cellulaire. Les vésicules sont de petits sacs ou vacuoles remplis de liquide dans l'organisme. Le séquençage est une technique utilisée pour déterminer la séquence exacte des bases (A, C, G et T) dans une molécule d'ADN (ou virale).

NMR Metabolomics
NMR (Nuclear Magnetic Resonance) is an instrument/tool used to perform metabolic studies, metabolic profiling, and metabolomics in biofluids and tissues for more than 40 years using magnetic fields. There is a very close connection between metabolic measurements and NMR. This connection has flourished because of NMR’s many unique strengths for characterizing complex mixtures’ chemical composition.
Protéomique

L'étude à grande échelle des protéines, qui sont de grandes molécules complexes nécessaires à la structure, à la fonction et à la régulation des tissus et des organes du corps humain.

Autoanticorps

Les anticorps qui réagissent avec les molécules de l'organisme et qui sont présents chez les personnes en bonne santé sont appelés anticorps naturels ou auto-anticorps.

L'ADN extracellulaire pour la réactivation virale

L'ADN extracellulaire est souvent sécrété activement et est utilisé pour effectuer plusieurs tâches, offrant ainsi une cible ou un outil attrayant pour les applications biotechnologiques, médicales, environnementales et microbiologiques générales. Les virus sont des parasites intracellulaires qui dépendent dans une large mesure de la cellule hôte pour leur réplication. La réactivation virale se produit lorsqu'une réplication active du génome viral entraîne une infection lytique (dégradation de la cellule) caractérisée par la libération de nouvelles particules virales progénitrices (descendantes).

Profilage des cellules immunitaires

Le système immunitaire joue de nombreux rôles régulateurs importants dans le développement et la progression des maladies. Compte tenu de l'émergence de thérapies immunitaires efficaces, des prédicteurs fiables de la réponse sont nécessaires. Le profilage des cellules immunitaires détermine la réponse en évaluant les populations de cellules immunitaires provenant d'échantillons traités et non traités. Dans notre cas, nous évaluerons la réponse des globules blancs à l'infection virale en utilisant un procédé appelé "Cytof".

Génomique des leucocytes

Un leucocyte est une cellule incolore qui circule dans le sang et les liquides organiques et qui est impliqué dans la lutte contre les substances étrangères et les maladies. Un génome est l'ensemble du matériel génétique d'un organisme. La génomique est un domaine de la biologie qui se concentre sur la structure, la fonction, l'évolution, la cartographie et l'édition des génomes. Par conséquent, la génomique leucocytaire est l'étude de tout le matériel génétique des leucocytes.

Métabolomique

Métabolomique est une façon d'étudier le métabolisme, c'est-à-dire de mesurer les quantités de métabolites (petites molécules) produites par notre corps lorsque nous transformons les aliments en énergie et autres molécules dont nos cellules ont besoin pour survivre. La technologie métabolomique est "à grande échelle", ce qui signifie que plusieurs milliers de métabolites peuvent être mesurés à partir d'un seul échantillon, par exemple de sang ou d'urine.

Micro ARN

Les cellules utilisent le Micro ARN pour contrôler si un gène particulier produit trop, trop peu ou la quantité normale de sa protéine à un moment donné.