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L'image est une bannière sur fond bleu dégradé. Sur le côté gauche, elle affiche le texte « Les mercredis de la science » en blanc. Le côté droit présente un motif d'hexagones et de cercles interconnectés, ressemblant à une structure moléculaire ou à un réseau.

Qu'est-ce que la protéomique ?

Du bureau du Dr Danielle Meadows
Vice-présidente des programmes de recherche

Cette image représente Danielle Meadows, aux cheveux bruns mi-longs, portant un blazer sombre et un haut vert.

En avril dernier, j’ai expliquĂ© en dĂ©tail ce qu’est la mĂ©tabolomique et comment elle est utilisĂ©e dans la recherche sur l’EM/SFC, en tant que composante importante de la phase « Analyse des donnĂ©es » du processus de recherche. Si vous avez manquĂ© cet article ou si vous souhaitez le relire, vous pouvez le consulter sur notre site web.

L'image est un organigramme présentant les quatre étapes du processus de recherche : « Conception de l'étude, examen par l'IRB/éthique », « Recrutement, collecte des données », « Analyse des données » et « Publication ». La troisième étape, « Analyse des données », est surlignée sur un fond sarcelle, ce qui indique qu'elle est importante.

Cette fois-ci, je souhaite aborder la protĂ©omique, car ces deux domaines sont souvent Ă©voquĂ©s ensemble. D’une certaine manière, la protĂ©omique permet de comprendre ce que le corps a l’intention de faire, tandis que la mĂ©tabolomique permet de comprendre ce que le corps fait rĂ©ellement.

Le cœur du sujet 

  • La protĂ©omique est l’Ă©tude de l’ensemble des protĂ©ines prĂ©sentes dans l’organisme Ă  un moment donnĂ©.
  • Ce type de recherche, qui s’intĂ©resse plus prĂ©cisĂ©ment aux niveaux de protĂ©ines, est important dans le domaine de l’EM/SFC, car il permet de mettre en Ă©vidence des protĂ©ines prĂ©sentes en quantitĂ©s diffĂ©rentes chez les personnes atteintes d’EM/SFC par rapport aux personnes en bonne santĂ© ou atteintes de maladies similaires. Il s’agit d’un Ă©lĂ©ment important dans la dĂ©couverte de biomarqueurs, c’est-Ă -dire d’indicateurs mesurables pouvant aider Ă  diagnostiquer une maladie.
  • Pour Ă©tudier ces nombreuses protĂ©ines, elles sont d’abord sĂ©parĂ©es les unes des autres, puis identifiĂ©es. La chromatographie liquide couplĂ©e Ă  la spectromĂ©trie de masse est un exemple de ces techniques utilisĂ©es en protĂ©omique.
  • L’analyse des niveaux de protĂ©ines est un Ă©lĂ©ment essentiel de l’Ă©tude Ă  grande Ă©chelle sur les biomarqueurs menĂ©e par l’OMF, BioQuest.

La protĂ©omique est l’Ă©tude du protĂ©ome, qui est l’ensemble des protĂ©ines exprimĂ©es Ă  un moment donnĂ©. 

 

Que signifie rĂ©ellement l’Ă©tude des protĂ©ines ?

Lorsqu’on Ă©tudie le protĂ©ome, il existe plusieurs angles d’approche, qui correspondent Ă  diffĂ©rents types de protĂ©omique. Les trois principaux types de protĂ©omique sont : l’expression, la structure et la fonction. Comme leur nom l’indique, la protĂ©omique d’expression Ă©value les niveaux d’expression des protĂ©ines, la protĂ©omique structurale Ă©tudie la structure tridimensionnelle des protĂ©ines et la protĂ©omique fonctionnelle consiste Ă  Ă©tudier les fonctions et les interactions des protĂ©ines.

 

Comment la protĂ©omique est-elle utilisĂ©e dans la recherche sur l’EM/SFC ? 

La protĂ©omique d’expression est le type le plus couramment utilisĂ© dans la recherche sur l’EM/SFC. La protĂ©omique d’expression peut ĂŞtre quantitative (concentration absolue) ou qualitative (concentration relative) et est particulièrement pertinente pour l’EM/SFC pour deux raisons principales. Premièrement, la protĂ©omique d’expression peut ĂŞtre utilisĂ©e pour identifier les protĂ©ines qui sont exprimĂ©es de manière diffĂ©rentielle entre les pathologies. Par exemple, une Ă©tude peut mesurer si la quantitĂ© de certaines protĂ©ines est diffĂ©rente entre les personnes atteintes d’EM/SFC et les tĂ©moins en bonne santĂ© ou les personnes atteintes de pathologies similaires. Deuxièmement, la protĂ©omique d’expression quantitative est un Ă©lĂ©ment important de la dĂ©couverte de biomarqueurs. 

 

Comment mesure-t-on les niveaux de protéines ?

Afin d’Ă©tudier un ensemble aussi vaste de protĂ©ines, celles-ci doivent d’abord ĂŞtre sĂ©parĂ©es les unes des autres. Une fois sĂ©parĂ©es, elles peuvent alors ĂŞtre identifiĂ©es individuellement. Un exemple de cette sĂ©paration et identification est la chromatographie liquide (CPL/LC ; sĂ©paration des protĂ©ines par taille) couplĂ©e Ă  la spectromĂ©trie de masse (MS ; identification des protĂ©ines par leur rapport masse/charge), dĂ©signĂ©e sous le nom de LC-MS/MS. 

 

Au centre collaboratif sur l’EM/SFC de l’Open Medicine Foundation (OMF) Ă  Uppsala, le Dr Jonas Bergquist est un expert en LC-MS/MS, qu’il utilise pour quantifier les protĂ©ines dans le cadre d’une multitude de projets sur l’EM/SFC. Il utilisera notamment cette technique pour la protĂ©omique incluse dans BioQuest, l’Ă©tude Ă  grande Ă©chelle sur les biomarqueurs menĂ©e par l’OMF. Pour en savoir plus sur BioQuest, consultez notre site web.

Grâce Ă  la gĂ©nĂ©rositĂ© de notre communautĂ© mondiale de l’OMF, la phase 1 de BioQuest est prĂŞte Ă  ĂŞtre lancĂ©e. Avec 1 000 Ă©chantillons dĂ©sormais disponibles pour les tests, nous sommes prĂŞts Ă  lever des fonds pour la phase 2, qui permettra de rĂ©aliser des tests supplĂ©mentaires et de mener Ă  bien le processus de validation essentiel afin de garantir que BioQuest fournisse les rĂ©sultats les plus rigoureux et les plus fiables possibles.

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Microvésicules et séquençage viral

Les microvésicules sont un type de vésicule extracellulaire qui est libérée de la membrane cellulaire. Les vésicules sont de petits sacs ou vacuoles remplis de liquide dans l'organisme. Le séquençage est une technique utilisée pour déterminer la séquence exacte des bases (A, C, G et T) dans une molécule d'ADN (ou virale).

NMR Metabolomics
NMR (Nuclear Magnetic Resonance) is an instrument/tool used to perform metabolic studies, metabolic profiling, and metabolomics in biofluids and tissues for more than 40 years using magnetic fields. There is a very close connection between metabolic measurements and NMR. This connection has flourished because of NMR’s many unique strengths for characterizing complex mixtures’ chemical composition.
Protéomique

L'étude à grande échelle des protéines, qui sont de grandes molécules complexes nécessaires à la structure, à la fonction et à la régulation des tissus et des organes du corps humain.

Autoanticorps

Les anticorps qui réagissent avec les molécules de l'organisme et qui sont présents chez les personnes en bonne santé sont appelés anticorps naturels ou auto-anticorps.

L'ADN extracellulaire pour la réactivation virale

L'ADN extracellulaire est souvent sécrété activement et est utilisé pour effectuer plusieurs tâches, offrant ainsi une cible ou un outil attrayant pour les applications biotechnologiques, médicales, environnementales et microbiologiques générales. Les virus sont des parasites intracellulaires qui dépendent dans une large mesure de la cellule hôte pour leur réplication. La réactivation virale se produit lorsqu'une réplication active du génome viral entraîne une infection lytique (dégradation de la cellule) caractérisée par la libération de nouvelles particules virales progénitrices (descendantes).

Profilage des cellules immunitaires

Le système immunitaire joue de nombreux rôles régulateurs importants dans le développement et la progression des maladies. Compte tenu de l'émergence de thérapies immunitaires efficaces, des prédicteurs fiables de la réponse sont nécessaires. Le profilage des cellules immunitaires détermine la réponse en évaluant les populations de cellules immunitaires provenant d'échantillons traités et non traités. Dans notre cas, nous évaluerons la réponse des globules blancs à l'infection virale en utilisant un procédé appelé "Cytof".

GĂ©nomique des leucocytes

Un leucocyte est une cellule incolore qui circule dans le sang et les liquides organiques et qui est impliqué dans la lutte contre les substances étrangères et les maladies. Un génome est l'ensemble du matériel génétique d'un organisme. La génomique est un domaine de la biologie qui se concentre sur la structure, la fonction, l'évolution, la cartographie et l'édition des génomes. Par conséquent, la génomique leucocytaire est l'étude de tout le matériel génétique des leucocytes.

MĂ©tabolomique

Métabolomique est une façon d'étudier le métabolisme, c'est-à-dire de mesurer les quantités de métabolites (petites molécules) produites par notre corps lorsque nous transformons les aliments en énergie et autres molécules dont nos cellules ont besoin pour survivre. La technologie métabolomique est "à grande échelle", ce qui signifie que plusieurs milliers de métabolites peuvent être mesurés à partir d'un seul échantillon, par exemple de sang ou d'urine.

Micro ARN

Les cellules utilisent le Micro ARN pour contrôler si un gène particulier produit trop, trop peu ou la quantité normale de sa protéine à un moment donné.