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Étude sur la progression de la COVID vers le la COVID longue
et l'évolution éventuelle vers l'EM/SFC

OBJECTIF DE L'ÉTUDE

En mars 2020, l’OMF a lancé une étude internationale pluriannuelle dans les six centres de recherche collaborative (CRC) soutenus par l’OMF.  Il s’agit de la première étude de ce type, dont l’objectif est d’examiner la progression de la COVID vers le la COVID longue et l’évolution éventuelle vers l’EM/SFC.

CHERCHEURS PRINCIPAUX
  • Jonas Bergquist, MD, PhD
  • Wenzhong Xiao, PhD
  • Alain Moreau, PhD
  • Ronald W. Davis, PhD
  • Chris Armstrong, PhD
  • David Systrom, MD
HYPOTHÈSE ET DESCRIPTION DE L'ÉTUDE

En mars 2020, l’OMF a rassemblé son réseau mondial de collaboration, à travers 6 centres de recherche dans 4 pays, pour mener à bien cet effort mondial en plusieurs étapes, en utilisant une subvention initiale de 1 000 000 $ donnée spécifiquement pour cet effort. Nous travaillons activement à la recherche de fonds supplémentaires pour poursuivre cette étude cruciale.

Les chercheurs testent et analysent les données d’individus depuis le début de la COVID-19 jusqu’à leur guérison ou leur état de maladie prolongé. Cette étude a l’occasion de révéler ce qui fait qu’une personne se rétablit complètement par rapport à celles qui présentent un risque élevé de développer une COVID longue et, parmi celles-ci, de développer l’EM/SFC.

Ces données sont également comparées à celles de l’étude sur les complications post-virales de l’encéphalopathie à Herpès Simplex (HSE), financée par l’OMF, afin de fournir un autre contraste post-viral. Ce modèle d’étude offre la possibilité d’élucider les mécanismes pathologiques précis de la COVID longue, de l’EM/SFC et d’autres maladies post-virales, d’identifier des biomarqueurs diagnostiques potentiels et de valider des cibles thérapeutiques potentielles pour de futurs essais cliniques.

OBJECTIFS

  • Collecter des données tout au long de l’étude longitudinale
  • Identifier les marqueurs de l’expression génétique qui sont prédictifs d’un lent rétablissement ou d’une maladie prolongée.
  • Analyser les marqueurs d’inflammation dans le plasma sanguin et le liquide céphalo-rachidien.
  • Analyser la métabolomique à partir d’échantillons d’urine et de plasma sanguin.
  • Rassembler l’ensemble des données biologiques recueillies pour déterminer les marqueurs prédictifs précoces de l’EM/SFC après un déclenchement viral important.
  • Réaliser une étude des profils d’expression des microARN circulants à l’échelle mondiale.
  • Réaliser un profilage global de la méthylation de l’ADN.
  • Réaliser une analyse d’association à l’échelle de l’épigénome
MISES À JOUR ET PERSPECTIVES

Mises à jour de la phase 1

  • Toutes les études omiques initiales post COVID (acides nucléiques, protéines et métabolites dans le LCR et le sang des patients COVID, et encéphalite herpétique) ont été entreprises avec des ensembles de données reçus d’Uppsala, Harvard et Stanford.
  • L’analyse informatique de tous les ensembles de données est en cours et sera publiée lorsqu’elle sera terminée.
  • La collecte d’échantillons longitudinaux se poursuivra parallèlement à d’autres analyses.

Mises à jour provenant du service de soins pour les patients atteints de la COVID longue à Uppsala

  • Une importante cohorte de patients présente actuellement des complications post-COVID et deux nouvelles cliniques ont été ouvertes à Uppsala pour accueillir ces patients.

  • Plus de 1 500 patients atteints de COVID initialement moins grave mais présentant des séquelles importantes et des complications post-COVID ont été recrutés au moyen d’enquêtes, de plasma et de sang.

  • Des enquêtes ont été réalisées et un premier article a été soumis et est en cours de révision.

  • Un IRB supplémentaire a été déposé pour permettre les prélèvements sanguins et l’ARN, la protéomique et la métabolomique, et a maintenant été approuvé.

  • Prochaines étapes : L’ARN (dans les cellules sanguines isolées par Ficoll), la protéomique et la métabolomique (plasma) seront analysés.

  • Les données cliniques sont compilées en continu et seront envoyées au centre de calcul pour corrélation avec les biomarqueurs.

  • Première série d’échantillons de LCR de patients ayant contracté la COVID a été analysée.

Dernières mises à jour de Montréal

  • Développement d’un algorithme utilisant notre panel diagnostique de 11 microARN permettant la stratification des patients atteints d’EM/SFC selon différentes trajectoires de séquelles à long terme :
    • EM, EM+FM ou FM
    • Dysfonctionnement respiratoire sévère
    • Neurologique
    • Liées à l’allergie
  • Les évaluations neurocognitives BrainCheck avant et après l’induction du MPE nous ont permis de stratifier les patients atteints de COVID longue en quatre groupes à l’aide d’une méthode d’apprentissage automatique.
  • Les patients classés dans les groupes A et B présentent un profil neurocognitif souvent observé chez les patients atteints d’EM/SFC, tandis que les patients atteints de COVID longue dans les groupes C et D présentent plus souvent des séquelles neurologiques.
  • Les résultats préliminaires suggèrent que les patients atteints de COVID longue durée du groupe B présentent une meilleure récupération de leur fonction neurocognitive que ceux du groupe A ou C.
  • Prochaines étapes : Valider ces résultats dans une cohorte plus importante.

 

Dernières mises à jour du Centre informatique

  • L’étude COVID est en cours avec des données omiques (acides nucléiques, protéines et métabolites dans le sang) et les informations cliniques associées des unités de soins intensifs reçues d’Uppsala et de Stanford. Des données sur les résultats à long terme des patients seront reçues.
  • L’analyse des séquences de l’ARN et de l’ADN viraux a révélé des réactivations de l’EBV et de l’HHV6 chez les patients de l’unité de soins intensifs COVID.
  • L’analyse informatique a permis d’identifier des métabolites précoces associés à l’évolution de l’état des patients en soins intensifs.
  • L’analyse des protéines dans le liquide céphalorachidien des patients des unités de soins intensifs, des patients atteints d’EM/SFC et des témoins a permis d’identifier des schémas uniques dans chaque groupe.
  • Une analyse plus poussée permettra d’établir une corrélation entre les schémas omiques et les patients atteints de COVID longue.
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Microvésicules et séquençage viral

Les microvésicules sont un type de vésicule extracellulaire qui est libérée de la membrane cellulaire. Les vésicules sont de petits sacs ou vacuoles remplis de liquide dans l'organisme. Le séquençage est une technique utilisée pour déterminer la séquence exacte des bases (A, C, G et T) dans une molécule d'ADN (ou virale).

NMR Metabolomics
NMR (Nuclear Magnetic Resonance) is an instrument/tool used to perform metabolic studies, metabolic profiling, and metabolomics in biofluids and tissues for more than 40 years using magnetic fields. There is a very close connection between metabolic measurements and NMR. This connection has flourished because of NMR’s many unique strengths for characterizing complex mixtures’ chemical composition.
Protéomique

L'étude à grande échelle des protéines, qui sont de grandes molécules complexes nécessaires à la structure, à la fonction et à la régulation des tissus et des organes du corps humain.

Autoanticorps

Les anticorps qui réagissent avec les molécules de l'organisme et qui sont présents chez les personnes en bonne santé sont appelés anticorps naturels ou auto-anticorps.

L'ADN extracellulaire pour la réactivation virale

L'ADN extracellulaire est souvent sécrété activement et est utilisé pour effectuer plusieurs tâches, offrant ainsi une cible ou un outil attrayant pour les applications biotechnologiques, médicales, environnementales et microbiologiques générales. Les virus sont des parasites intracellulaires qui dépendent dans une large mesure de la cellule hôte pour leur réplication. La réactivation virale se produit lorsqu'une réplication active du génome viral entraîne une infection lytique (dégradation de la cellule) caractérisée par la libération de nouvelles particules virales progénitrices (descendantes).

Profilage des cellules immunitaires

Le système immunitaire joue de nombreux rôles régulateurs importants dans le développement et la progression des maladies. Compte tenu de l'émergence de thérapies immunitaires efficaces, des prédicteurs fiables de la réponse sont nécessaires. Le profilage des cellules immunitaires détermine la réponse en évaluant les populations de cellules immunitaires provenant d'échantillons traités et non traités. Dans notre cas, nous évaluerons la réponse des globules blancs à l'infection virale en utilisant un procédé appelé "Cytof".

Génomique des leucocytes

Un leucocyte est une cellule incolore qui circule dans le sang et les liquides organiques et qui est impliqué dans la lutte contre les substances étrangères et les maladies. Un génome est l'ensemble du matériel génétique d'un organisme. La génomique est un domaine de la biologie qui se concentre sur la structure, la fonction, l'évolution, la cartographie et l'édition des génomes. Par conséquent, la génomique leucocytaire est l'étude de tout le matériel génétique des leucocytes.

Métabolomique

Métabolomique est une façon d'étudier le métabolisme, c'est-à-dire de mesurer les quantités de métabolites (petites molécules) produites par notre corps lorsque nous transformons les aliments en énergie et autres molécules dont nos cellules ont besoin pour survivre. La technologie métabolomique est "à grande échelle", ce qui signifie que plusieurs milliers de métabolites peuvent être mesurés à partir d'un seul échantillon, par exemple de sang ou d'urine.

Micro ARN

Les cellules utilisent le Micro ARN pour contrôler si un gène particulier produit trop, trop peu ou la quantité normale de sa protéine à un moment donné.